La autoridad virreinal fue absoluta solo en teoría porque en la práctica había que seguir las órdenes reales, respetar a las familias poderosas, controlar a los ministros y todo esto limitaba la acción de la corte virreinal.
El sistema de gobierno fue complejo y burocrático, el centro del poder estuvo en la ciudad de México.
La Real Audiencia se creó en 1527 para sustituir la autoridad de Hernán Cortés. Estaba conformada por: un virrey, ocho oidores, cuatro alcaldes del crimen y dos fiscales (uno de lo civil y otro de lo criminal), un alguacil mayor, un teniente de gran canciller y ministros y oficiales necesarios para el territorio.
Los oidores tenían funciones judiciales y ayudaban al buen funcionamiento del reino, entre sus funciones estaban:
Visitar las ciudades y pueblos para informar sobre la calidad de la tierra y el número de pobladores
Investigar si los nativos hacían sacrificios
Vigilar a los corregidores
Asegurarse que no hubiera esclavos
Aunque al empezar solo hubo cuatro oidores para finales del siglo XVII ya eran ocho y cuatro alcaldes del crimen.
Se encargaban de los delitos penales en la ciudad donde residía la Corte y cinco leguas a la redonda. Sus funciones eran parecidas a las de los oidores, pero en el ámbito penal.
Vigilaban las acciones de los altos funcionarios para defender los intereses del Estado
Vigilaban la buena administración de justicia
Cuidaban el aprovechamiento de los recursos materiales
Defendían a los naturales
Eran abogados, relatores, tenientes, escribanos y todos aquellos funcionarios necesarios para impartir la justicia.
Para controlar la actuación de las Audiencias se llevaba un regristro en libros, en ellos se registraban las sentencias dadas, las consultas de residencia, los nombres de los que funcionarios, las Reales Cédulas y Provisiones reales; gracias a esto se tiene constancia de lo acontecido durante esa époc
En la Nueva España se impuso la obligación general de los súbditos de prestar servicio de armar aunque los indígenas estaban exentos de ello pues no se confiaba en su lealtad.
Con el tiempo se tuvo que defender a las Indias de las incursiones extranjeras así que se aceptaron indios, mestizos, mulatos y negros en el servicio.
Había tres cuerpos de milicias urbanas en México: el Regimiento Urbano del comercio, el escuadrón de Caballería urbana de los gremios de panaderos y la compañía urbana de granaderos del gremio de plateros.
En 1763, después de firmar la Paz de París, se buscó reforzar las defensas marítimas y terrestres en las Indias y Nueva España. El general Juan Villalba tuvo a su mando un importante número de tropas. Quienes entraban a la milicia disfrutaban del fuero militar.
La primera diócesis en la Nueva España fue la Carolense y se fundó en 1519.
Para 1524 se dividió el territorio en cuatro cabeceras: México, Tlaxcala, Tetzcoco y Huexotzingo.
Hubo tres órdenes principales: franciscanos, dominicos y agustinos.
El primer obispo electo fue el franciscano Fray Juan de Zumárraga.
La segunda mitad del siglo XVI se caracterizó por el crecimiento de la compleja organización eclesiástica: había un clero secular y otro regular. El clero secular estaba subordinado a los obispos y el regular era independiente.
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